针对方念这个案子，李承乾上书天子，请求加强对官员的监察、查办力度。
其一，设立铜匦：鼓励告密，对举报犯有罪行过失官员的人，一经查实，授予重奖;即便举报无实，举报者也无须承担任何责任。如此，必然四方告密者蜂起，官必重足屏息，只得收敛起贪赃枉法之心。
其二，将御史台一分为二，分设肃政左右台，加强对官员的监察。左肃政台，专司纠察中央百官和军队。右肃政台，专门负责京畿地区和地方各州县官员的按察。并将监察御史，由之前的十八人，增至八十一人。形成左台以察朝廷，右台以澄郡县的纠察格局，左、右两台迭相纠正。
其三，李承乾还起起草了新的监察法规《巡察六条》和《风俗廉察四十八条》以扩大监察范围。
其四，授予三法司重权，允许他们在审核官吏的案件中，适当的使用肉刑，迫使地方官员畏之如虎，如此以身试法者则会日益减少。
比如说：受财枉法，官员收受了贿赂后违背法律做出决定。按其受财“赃”的多少量刑，“一尺杖一百，一匹加一等，十五匹绞”。
受财不枉法，官员虽然接受当事人的钱财，但在裁决上并没有违反任何律法。则凡是计赃“满一尺，杖九十”；以上递加至满三十匹以上，处“加役流”。
受所监临，官员收受自己部下及所管辖内百姓财物，而未有具体的所求，无违律法，则计赃“一尺笞四十，一匹加一等，八匹徒一年，八匹以上加一等”，赃满五十匹以上，处流二千里。
在李承乾看来，官员渎职受贿，是历朝历代无解的施政难题。朝廷赋予官员驱使百姓、裁判、予夺大权，自然也就难以防止权力的滥用，或与钱财换取权力。朝廷专门设立的监察系统也不在于防止官员渎职受贿，而更着重于检测官员对朝廷的忠诚。
李承乾是理智的，他并没有将目标放在完全的消灭上，而是将其控制在一个“合理”的范围之内，以此稳定朝廷的统治秩序。
《尚书》中说：无偏无党，王道荡荡；无党无偏，王道平平。贪渎是最容易形成朋党的，所以韩非子说：大臣两重，父兄众强，内党外援以争事势者，可亡也。贪渎滋生朋党，朋党则国家危亡，因此当设谏以纲独为，举错以观奸动，罚比周而赏异，诛毋谒而罪同。
对于太子所奏之事，李世民自然是赞同的，所以旨意很快就发到了尚书省：太子所奏，一子不改，按此办理，不得有误。
有了皇帝的御批，那自然不是问题了，在房玄龄、岑文本的主持下，监察事宜迅速展开。而受益于左右肃政台的政策，褚遂良得以与萧瑀平起平坐，晋为右肃政台大夫，平分御史大夫之权。这自然也引起了萧瑀的不满，但他清楚，这个事埋怨太子是没用的，皇帝不点头，还能有这个事吗？
所以，这次，萧瑀把目标对准了左仆射-房玄龄，当年他和李靖把自己从仆射的位置拉下来，萧瑀也要把他拉下来一次。
萧瑀弹劾房玄龄拉帮结派，谋权篡位。
李世民闻言勃然大怒，当面斥责萧瑀道:＂房玄龄忠心为国，岂会做出谋逆之事？你这样诬陷忠良，是要挑拨离间，动摇朝廷吗？＂
可萧瑀并不退缩，据理力争道:＂房玄龄结党营私，排斥异己，早晚会酿成大祸。陛下若不及早防范，恐怕会重蹈隋炀帝的覆辙啊！＂
李世民最是听不得，别人拿他跟杨广比了，于是拍案而起:“萧时文，你简直是胡言乱语，荒唐至极！房玄龄从朕数十年忠心耿耿，朕岂会看不清？你若再敢口出狂言，休怪朕对你不客气！＂
萧瑀见皇帝盛怒不止，竟然冷冷哼了一声，拱了拱手，径直转身告退，直接把皇帝晾在那里了！
别说李世民没想到，李承乾、李恪都惊呆了，这老东西真是不知道啥叫天可汗啊，跟着皇帝玩这一手，你这不是找死吗？居功自傲，也没有这样的吧！
果不其然，怒不可遏的李世民，拍着御案对兄弟俩吼道：“萧瑀反了，反了啊他！传旨，传旨，把这个老东西，关到大牢去！”
李承乾和李恪虽然讨厌萧瑀，但这家伙毕竟是开国功臣，辅佐陛下近二十年，也曾随陛下上阵，这功劳还是苦劳都是有的。光因为他谏言弹劾，便将其下狱，实在是有些过了。
虽然兄弟俩不想承认，但人家萧瑀虽然功高权重，却从常常身着布衣，蹬着草鞋，深入民间，体察民瘼。他体恤百姓疾苦，为政清廉，在民间的声望那是相当的好。每当他被贬谪，百姓们都会自发来为他送行，甚至跪在马前，苦苦哀求他留下。
萧瑀总是含泪与百姓告别，安慰他们好生过活，他还会回来的，为大家多做好事的。百姓们听了，无不感动得痛哭流涕。他们纷纷跪拜在地，连连祝福萧瑀早日归来，再造福一方百姓。所以这么多年了，李承乾一直没把怎么样，就是怕百姓骂啊！
而且，兄弟俩也知道，萧瑀这辈子在父皇手里起起落落的，那次陛下都因为念旧放过他，又何必这么做的。
本来，他俩以为，给了个台阶，让父皇下了就得了，可没成想父皇这次来真的，直接把御案掀了，还怒吼着把翟长孙、马宣良叫了进来！
“去，你们两个去！带着百骑去，把萧瑀给朕抓起来，好好的审，严格的审，看看是谁，给了他这么的胆子，忤逆于朕的！”
二将见陛下的脸都红了，也知道陛下动了真火，所以当即拱手应诺。
而李承乾兄弟俩，正要进言劝说，却被李世民一个凶狠的眼神定在原地，嘴边的话也是生生的咽了下去。
是啊，萧瑀说到底也是老四的人，跟他俩有什么关系，哥俩用得着为了他，跟父皇拧着来吗？